甲藍是常用的人工合成染料的一種屬于醌亞胺染料類，是堿性染料，甲藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色，可染細胞核使之呈藍色；肥大細胞胞質內含有肝素和組織胺等異色性物質遇到甲藍可呈異染性紫紅色。
1、脫蠟至水：使用二甲苯Ⅰ浸泡5分鐘，二甲苯Ⅱ浸泡5分鐘，二甲苯Ⅲ浸泡5分鐘，然后依次使用無水乙醇、95%乙醇和75%乙醇各浸泡1分鐘，最后用自來水沖洗數秒。
2、滴加甲藍染色液進行染色，染色時間為20-30分鐘。
3、流水稍洗，洗去多余的染色液。
4、使用95%乙醇進行分色，在鏡下控制分色效果。
5、脫水透明：先使用無水乙醇浸泡1分鐘，然后使用二甲苯進行3次脫水，每次1-2分鐘，最后使用中性樹膠封固。
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